De bodembiodiversiteit weerspiegelt de verscheidenheid aan levende organismen. Het omvat ontelbare organismen die niet zichtbaar zijn voor het blote oog, zoals micro-organismen (bijv. bacteriën, schimmels, protozoa en nematoden), mesofauna (bijv. mijten, springstaarten) en de meer erkende macrofauna (bijv. regenwormen en termieten). Deze verschillende organismen communiceren met elkaar en met de verschillende planten en biota van het ecosysteem en vormen een complex systeem van biologische activiteit.

Bodemorganismen leveren een reeks fundamentele diensten voor de duurzaamheid van alle ecosystemen. Deze diensten zijn niet alleen cruciaal voor de functie van natuurlijke ecosystemen, maar zijn ook een fundamentele hulpbron voor het duurzame beheer van landbouwsystemen. Ze fungeren als primaire middelen voor de geleiding van nutriëntenkringloop, de regulering van de dynamiek van organische stof in de bodem, koolstofvastlegging in de bodem en broeikasgasemissies.

Ook zorgen zij voor het wijzigen van de fysieke structuur van de bodem en wateropslag, het verhogen van de hoeveelheid en beschikbaarheid van voedingsstoffen voor vegetatie en het verhogen van de gezondheid van planten.